Los primeros residentes de las actuales Islas Vírgenes de los Estados Unidos (U.S.V.I.) eran los Ciboney, los Caribes, y los Arawakos. En 1493, Cristóbal Colón visitó estas islas. Él había estado buscando una ruta a la India y así que él llamó a indios a los nativos de las islas. Colón nombró a las hermosas islas “las vírgenes” en referencia a la belleza legendaria de San Úrsula y sus 11, 000 vírgenes.

La visita de Colón demostraría ser el fallecimiento de los "indios indígenas". No tenían ninguna inmunidad a las enfermedades europeas que los exploradores trajeron con ellas. Tampoco estaban preparados para ocuparse del trabajo áspero que los exploradores los forzaron a hacer. Dentro de varias décadas después de la visita de Colón a las islas, la población de los “indios” había caído a plomo. Ya no existen indígenas en las U.S.V.I hoy en día.

Las islas pasaron por un “período de sueño” después de la visita de Colón. Despertaron para tener a Holanda, Francia, Inglaterra, España, Dinamarca y los caballeros de Malta intentando establecerse colocar en las islas. Entre los establecimientos procurados, los piratas y los bucaneros también demostraron un gran interés en las islas. Los daneses de West Indian Company establecieron con éxito un establecimiento en Santo Tómas en 1672 y en San John en 1694.

Los daneses se habían apoderado de San Juan  desde los 1680. Sin embargo, la hostilidad de los británicos vecinos en Tórtola evitó que los daneses establecieran un campamento en la bahía Coral. Los británicos, para mantener las relaciones hospitalarias con Dinamarca cesaron  eventualmente su oposición. Después de que los daneses se colocaron en San Juan, la agricultura de la plantación se desarolló rápidamente en la pequeña isla.

En 1685, el gobierno danés firmó un tratado con los holandeses de Brandenburg. Este tratado permitió que el Brandenburg American Company estableciera un lugar de intercambio de esclavos en Santo Tómas. Los primeros gobernadores también aprobaron que Santo Tómas fuese un asilo seguro para los piratas. Los gobernadores realizaron que una afluencia de piratas beneficiaría a comerciantes locales. Pero mientras que la piratería dejó de ser un factor en la economía de la isla a principios del siglo 19, el comercio de los  esclavos continuó.

A partir la 1700 a 1750, cuando la piratería estaba en la declinación, el comercio legítimo estaba en la mejora y los comerciantes prósperos substituyeron a los bucaneross en Dronningens Gade (calle principal) en Charlotte Amalie, Santo Tómas. Fue alrededor de este tiempo que Santa Cruz sería comprada. Santa Cruz, hasta 1733, era una colonia francesa y en que año la compañía danesa compró la isla de Francia. Las tres islas, Santa Cruz,  Santo Tómas y San Juan, entonces eran conocidos como las “Indias del Danesas del Oeste”.

En años siguientes, las islas se volvieron grandes productoras de azúcar utilizando  a los esclavos para mantener la economía fuerte. El centro de mercado en Charlotte Amalie era la localización de algunas de las subastas de esclavos más grandes del nuevo mundo.  San Juan y Santa Cruz eran los sitios de muchas plantaciones de azúcar. La esclavitud fue suprimida por Dinamarca en 1848. Después de eso, los plantadores comenzaron a abandonar sus estados. La población y la economía en las islas disminuyeron.

Las islas seguían siendo colonias danesas hasta 1917, cuando los Estados Unidos las compraron por $25 millones en oro.

Las islas fueron compradas para mejorar la colocación militar durante épocas críticas de la primera guerra mundial. Las U.S.V.I. fueron utilizadas como centro de defensa durante la segunda guerra mundial. En los años después del final de la guerra, las U.S.V.I tomaron una nueva posición como destinación turística.

Los militares y los departamentos interiores manejaron el territorio hasta el paso del “Organic Act” en 1936. Las Islas Vírgenes es hoy un territorio de Estados Unidos, manejada por un gobernador electo. El territorio está bajo jurisdicción del presidente de los Estados Unidos de América. La gente nacida en U.S.V.I son ciudadanos americanos.

En 1056 Laurance Rockefeller dio al servicio nacional del parque un regalo abundante de 5,000 acres de tierra. Este regalo junto con adiciones subsecuentes ha aumentado las propiedades. Hoy casi dos terceras partes del hermoso bosque del San Juan, sus litorales y  tierras subacuáticas son protegidos por el parque.

En 1996 “Water Island”, situada en el puerto de Charlotte Amalie de Santo Tómas, fue devuelta oficialmente a U.S.V.I del departamento del interior. “Water Island” es hoy la cuarta isla de las U.S.V.I.

Las islas de Santa Cruz, Santo Tómas, y San Juan y “Water Island” incorporaron el nuevo milenio como una de las destinaciones de la premier para el turista que visitaba el Caribe