La evidencia sugiere que Santo Tómas fue una vez refugio para las tribus de Ciboney.  Se cree que ocuparon la isla alrededor de 1500 A.C.  Dos otras tribus vivieron en la isla; el Taino o Arawakos y el Caribe.   La llegada de europeos redujo grandemente a sus poblaciones.  A Cristóbal Colón se le acredita el descubrimiento de San Tomas y las Islas Vírgenes durante su segundo viaje al Nuevo Mundo en 1493.

Santo Tómas sirvió de refugio a los piratas mucho antes que las fuerzas europeas decidieran formar colonias ahí.   El puerto natural, Charlotte Amalie, era el favorito entre los piratas que intentaban acorralar las naves españolas cargadas con monedas de oro y otros artículos valiosos.   Usted encontrará historias de piratas en Santo Tómas, donde las historias de Barba-negra y Barba-azul son probablemente las más conocidas.

Los daneses hicieron sus primeros intentos de colonización alrededor de 1666.   La prioridad para los daneses era dividir la isla para el desarrollo agrícola.   La economía de la isla fue basada en plantaciones.  Los daneses no realizaron muchas obras de construcción en Charlotte Amalie.  La Fortaleza fue, durante mucho tiempo, el único proyecto de construcción en marcha.

Pasado un tiempo, el gobierno reconoció que mucho del futuro de Santo Tómas caía en el desarrollo del área alrededor del su puerto natural.  Pronto surgierón los “Thapus.  Los “Taphus” era el nombre dado a casas de cerveza o bares o lo que actualmente se conoce como Charlotte Amalie.  Cuando el gobernador dio licencias a los residentes para desarrollar el área alrededor del puerto, las tabernas emergieron rápidamente al igual que los navegantes que gozaban de los “Taphus”.  El nombre “Taphus” fue utilizado hasta 1691 cuando fue renombrado como Charlotte Amalie en honor a la esposa del rey Christian V.

Los gobernantes en San Tomas, a fines de 1600's, condujeron la isla a un comercio de esclavos y piratería.  En 1685 el gobierno danés firmó un tratado con el ducado de Brandenburg permitiendo que el Brandenburg American Company estableciera un comercio de esclavos en Santo Tómas.  Es también para este tiempo que los piratas consiguieron la aprobación para utilizar Santo Tómas como refugio.  Estos acontecimientos beneficiaron a comerciantes locales e hicieron a Charlotte Amalie, en Santo Tómas, uno de los puertos más ocupados del Caribe.

Incluso cuando la piratería ya no afectaba la economía de Santo Tómas, Charlotte Amalie mantuvo su importancia como puerto comercial.  Esta postura fue mantenida por la declaración 1764 de rey Frederik V la cual declaraba que el puerto de Santo Tómas debía ser un puerto libre.  La importancia de Charlotte Amalie de negociar en el mundo nuevo disminuiría con la abolición de la esclavitud en 1848.

A finales de 1800's y principio de 1900's fueron años dificiles en Santo Tómas.  Varios desastres naturales, incluyendo huracanes, fuegos y una ola marina, dejaron a Charlotte Amalie en necesidad de una reconstrucción importante.  Pasaron años antes de que los viejos almacenes que una vez guardaron las mercancías para el comercio fueran reconstruidos para el comercios.

En 1917 Santo Tómas bajaría la bandera danesa y los residentes saludarían las estrellas y las rayas de los Estados Unidos de América.  La prosperidad volvió a Charlotte Amalie a mediados de 1900's mientras que los viajes por aire y por mar aumentaron.  Santo Tómas se movió al siglo XXI manteniendo su prominencia como un lugar preferido para los cruceros y las compras.